Для эффективности работы "Отчего Дома" были созданные следующие подразделения:
Отделы прямого служения - это подразделы, которые оказывают непосредственную помощь разным категориям детей на отдельных этапах работы с ними.

• Служение уличным детям: работа с беспризорными детьми в местах их пребывания, с целью предоставления первой помощи и поощрение ребенка оставить жизнь на улице.
• Лагерь адаптации беспризорных детей "Остров сокровищ": программа первичной реабилитации детей улицы и детей группы риска, с целью подготовки их к возвращению в семью или детские учреждения.
• Центр социальной опеки ребенка "Отчий Дом": детское учреждение, целью которого стала полная духовная и социально-психологическая реабилитация ребенка, и подготовка его к жизни в семье.
• Программа семейного воспитания: воспитание детей в семейных условиях, модель семейных взаимоотношений и ответственности.


• Отдел по работе с выпускниками: поддержка и сопровождение детей, которые воспитывались в Центре социальной опеки ребенка "Отчий Дом" и на данный момент живут самостоятельно или в другом месте.
• Отдел по организации отдыха детей: проведение лагерей отдыха, организация походов и экскурсий и других рекреационных мероприятий.
• Отдел служения и творчества "Дети для детей": содействие духовному росту детей, развитию их талантов и умению помогать другим.

Отделы поддержки и развития - это подразделы, которые обеспечивают деятельность отделов прямого служения и развитие новых проектов, в том числе сотрудничество и помощь другим организациям.

• Финансовый отдел: финансовое планирование, составление бюджетов и ведение бухгалтерского учета.
• Юридический отдел: правовая защита детей и деятельности организации, предоставление консультативной поддержки другим организациям.
• Административный отдел: строительство, транспорт и оборудование.
• Отдел гуманитарной помощи "Людям с любовью": предоставление гуманитарной помощи государственным учреждениям, благотворительным организациям и нуждающимся людям.
• Учебно-информационный центр: учебные программы для руководителей и работников в сфере служения детям, разработка методических и информативных материалов.
• Отдел по работе с партнерами и филиалами: развитие и поддержка партнерских организаций и координация сотрудничества.